Deroga istanza AUA

Promemoria primo messaggio :

Salve a tutti, vorrei condividere sul forum quanto segue, chiedendo se le mie perplessità sono condivise o meno.
Come sapete, l'Art.3 comma 3 DPR 59/2013, come poi confermato dalla Circolare del MATTM 07/11/2013, permette di derogare dalla istanza di AUA per i nuovi impianti in semplificata a patto che l'avvio dell'attività non necessiti di specifiche autorizzazioni (atmosfera, scarichi, etc.)
In ogni caso, nell'era della burocrazia 2.0, anche le comunicazione ex art.214 e 216 devono essere presentate in via elettronica tramite SUAP (salvo poi far stampare le relazioni su carta ai funzionari per esaminarle).
Al solito noto una difformità sul territorio nazionale su quale sia il SUAP di competenza, se quello provinciale (la cosa più logica) o quello comunale; in ogni caso, il funzionario della provincia di mio interesse ha detto che è necessario passare per il SUAP comunale (anche in considerazione che non esiste uno sportello SUAP provinciale) e che i 90 gg decorrono a partire dalla ricezione della PEC da parte del SUAP comunale.
Confermate che la procedura corretta è questa?

E' tra l'altro successo, nella medesima Provincia, ma in altro Comune, che l'istanza provinciale arrivata al SUAP del Comune si sia fermata li, avendo colto i funzionari comunali completamente impreparati.
Risultato: dopo 90 giorni l'impresa, pensando di averne diritto, ha iniziato a lavorare senza di fatto essere iscritta al registro provinciale -> ispezione, sequestro, sanzione, avvocati, etc.
Forse qualche telefonata o passeggiata in Provincia non avrebbe guastato, ma non vi sembra che la semplificazione voluta con l'istituzione dei SUAP e delle AUA in questo caso si sia risolta in inutili e farraginosi doppi passaggi?

Grazie per la pazienza